Die Gegend des heutigen Rothenburgsort kam Ende des 14. Jahrhunderts als Billwärder Ausschlag in den Besitz der Hamburger. Zunächst als Sommerweide für das Vieh. Nach erfolgter Eindeichung im 15. Jahrhundert siedelten sich dauerhaft Bauern auf dem fruchtbaren Marschland an. Mehrere Sturmfluten im 17. und 18. Jahrhundert vernichteten das Marschland. Die Bauern verließen ihre wertlos gewordene Scholle.
Die Grundstücke kauften nach und nach reiche Bürger, um dort in der reinen Luft, fernab der Stadt, für sich und ihre Familien stattliche Sommersitze einzurichten. Einer der ersten war 1614 der Ratsherr Johann Rodenborg. Kurz darauf tauchte dann auch schon die Bezeichnung: "Rodenborgs Ort" für die Gegend auf. Mitte des 19. Jahrhunderts erkannten Spekulanten den Wert des Geländes. Die sich abzeichnende Industrialisierung bedeutete auch, dass fabriknahe Wohnquartiere benötigt wurden. Anstelle der Villen prägten alsbald große düstere Wohnblocks das Bild der Gegend. Auch siedelte sich immer mehr Industrie an. 1943 wohnten hier 55.000 Menschen.
Dann kam die Nacht vom 27. auf den 28. Juli 1943. Der Stadtteil wurde durch Luftangriffe fast völlig zerstört und mehrere tausend Menschen kamen in dieser Nacht allein in Rothenburgsort um. Die Überlebenden verließen den Stadtteil, da fast sämtlicher Wohnraum zerstört war. Das Viadukt der Hochbahnlinie nach Rothenburgsort, an einigen Stellen durch Bombentreffer zerstört, wurde dann komplett entfernt. 1950 wurde das 1945 verhängte Bauverbot für diesen Stadtteil wieder aufgehoben. 1955 wurden auch die Pläne für den Bau eines Binnenschiffhafens aufgegeben. Darum erfolgte der Wiederaufbau erst so spät und es wurde nicht mehr die bauliche Ausdehnung des Stadtteils in Vorkriegsdimensionen angestrebt.
Das wohl dunkelste Kapitel der Geschichte des Stadtteils war eines der schlimmsten Verbrechen der Nazidiktatur. In der Nacht des 20. April 1945 wurden im Keller der ehemaligen Schule am Bullenhuser Damm 20 Kinder aus dem Hamburger KZ Neuengamme von SS-Männern erhängt. In derselben Nacht wurden dort noch 26 Erwachsene, die 2 Betreuer der Kinder und 24 sowjetische Kriegsgefangene ermordet. Schändlicherweise hat sich das öffentliche Hamburg viele Jahre dem Andenken der Kinder verweigert. Angehörige der Kinder forderten lange eine Gedenkstätte, diese wurde erst 1980 im Keller der Schule eingerichtet.

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